안녕하십니까,  강앤강 법률사무소의 강영준, 강소영 변호사입니다. 

오늘은 세무조사와 관련한 법인세의 부당과세 취소 소송에 대해 다룬 대법원 판결(대법원 2024. 12. 12. 선고 2024두49469)을 소개하려 합니다.

법인세는 기업이 창출한 소득에 대해 부과되는 세금으로, 국가의 재정 확보와 경제 조정에 중요한 역할을 합니다. 법인세 제도는 경제 전반에 걸쳐 기업 간의 공정한 경쟁 환경을 조성하고, 소득 재분배를 통해 사회적 안정에 기여합니다. 

그러나 법인세 부과 과정에서 부당과세 논란이 발생할 경우, 기업은 큰 재정적 손실과 경영 안정성의 위기를 맞이할 수 있습니다.

이 사건은 세무당국의 추계조사와 과세처분의 적법성을 중심으로, 납세자의 권리를 보호한 사례입니다.

사건개요

대법원 2024. 12. 12. 선고 2024두49469 판결은 기업이 세무당국의 법인세 부과 처분에 대해 취소를 요구하며 진행된 사건입니다. 본 사건에서 원고인 기업은 과세당국이 세법의 규정을 잘못 해석하여 과도한 법인세를 부과했다고 주장하며, 해당 처분이 위법하다고 주장했습니다.

생명공학 분야에서 활동하는 원고 회사는 국세청으로부터 수입금액 누락 및 가공세금계산서 발급 혐의로 법인세와 부가가치세 부과 처분을 받았습니다.

세무당국은 생명공학 관련 사업을 운영하는 원고 기업에 대해 2010년부터 2014년까지의 법인세와 부가가치세를 경정·고지했습니다.

과세 사유로는 두 가지를 들었는데, 첫째는 수입금액 누락(실지조사와 추계조사 혼합), 둘째는 가공거래를 통한 허위 세금계산서 발급입니다.

그러나 원고는 다음과 같은 이유로 과세 처분의 위법성을 주장하며 행정소송을 제기했습니다:

1. 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준을 산정한 것이 객관성과 합리성을 결여

2. 형사재판에서 무죄를 선고받았으며, 거래 자체가 가공거래로 인정될 수 없음을 주장

원고는 이러한 사유로 부과된 세금은 과잉처분이며, 세법 규정을 잘못 적용한 결과라고 주장하며 법원에 해당 처분의 취소를 요청했습니다.

법원의 판단

법원은 다음과 같은 이유로 판시했습니다

1. 실지조사와 추계조사를 혼합한 과세는 합리성과 타당성이 부족하며, 과세 기준을 결여.

2. 가공거래로 판정된 거래는 형사재판에서 무죄 판결을 받았으므로, 이를 근거로 한 처분은 위법.

3. 세무당국은 정당세액을 산정할 의무를 위반하여 과세처분의 객관성을 상실.

법원에서의 쟁점은 추계조사방법의 합리성과 타당성이 인정되는지의 여부와 이 사건 세금계산서의 대상거래가 가공거래에 해당되는지의 여부, 그리고 정당세액 산정의무 위반의 여부를 확인하였습니다.

판결

1심에서 원고의 주장을 일부 인용하며 일부 처분을 취소 하였었던 부분을

원심에서 원고 전부 승소처리 하여 세무당국의 처분이 부당하다고 판단했습니다

이 사건은 세무조사의 절차와 과세처분의 합리성이 법원에서 다시 한번 검토된 사례로, 

세무당국의 과세권이 무조건적으로 올바르지는 않을 수 있음을 확인했습니다. 

특히, 형사사건에서 무죄로 판단된 사실이 행정소송에서 중요한 증거로 작용했다는 점은 

기업의 입장에서 의미 있는 판결입니다.

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